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PsalmonisDB: una base de datos de información genómica sobre Piscirickettsia salmonis

PsalmonisDB: una base de datos de información genómica sobre Piscirickettsia salmonis

Una base de datos que unifica toda la información genómica del patógeno Piscirickettsia salmonis disponible en la base de datos biológicas, eso es “PsalmonisDB”, herramienta desarrollada por el Magíster (c) en Microbiología de la línea “Salud Animal en el Ambiente Marino” (RP3), Guillermo Nourdin, en colaboración con el equipo del Dr. Vinicius Maracaja-Coutinho, director del Laboratorio de Bioinformática Integrativa de la Facultad de Ciencias Químicas y Farmacéuticas de la Universidad de Chile.
Esta base de datos es capaz de almacenar la información relacionada a secuencias y sus respectivas anotaciones funcionales. Por otro lado, PsalmonisDB implementa “UCSC Genome Browser”, el cual es una aplicación de exploración genómica en donde se encuentran cargada toda la información correspondiente a P. salmonis. Además, implementa el software BLAST dentro de su interfaz, permitiendo hacer un alineamiento contra toda la nueva información generada y almacenada dentro de la base de datos PsalmonisDB”, explica Guillermo Nourdin.
La gran ventaja que posee PsalmonisDB es que almacena toda esta información en un lugar específico, correspondiente a la información genómica (genes codificantes y no codificantes) y diversas anotaciones contra bases de datos biológicas disponibles en la red. Esto se observa al momento de hacer un análisis global de genomas de este patógeno, “algo que sin herramientas como PsalmonisDB, sería una tarea extensa”, recalca Nourdin. Por otro lado, esta herramienta funcionará como repositorio de secuencias y sus propias funciones biológicas y que, por medio de BLAST, alinea las secuencias a consultar solo contra secuencias de P. salmonis de interés.
Otra ventaja que posee esta herramienta es que agrupa diversa información de muchas bases de datos biológicas en un solo sitio, teniendo como objetivo tener la mayor cantidad de información en solo una consulta. “En otros casos, por cada base de datos biológica es necesario una consulta, teniendo el límite las bases de datos que quiera consultar. Este último caso es un proceso engorroso, por lo que PsalmonisDB es una herramienta útil para la investigación en el área acuícola”, señala el joven profesional.
El modelo de entidad-relación de la base de datos se construyó utilizando MySQL WorkBench y el código SQL se exportó y editó manualmente. Para la predicción y traducción de ORFs a proteínas codificantes, utilizaron Glimmer 3.02 y TransDecoder, respectivamente. Las secuencias se agruparon con corte de identidad del 98%, y se efectuaron anotaciones mediante la búsqueda de similitud de secuencias con el software DIAMOND, utilizando un conjunto de bases de datos públicas (NR, Uniprot, Swissprot, Gene Ontology).
“En resumen, identificamos un total de 59,439 genes de 19 genomas completos de P. salmonis disponibles en bases de datos públicas, con un promedio de 3,128 genes por genoma. Esta información actualizada podría ser útil para futuros estudios genómicos; siendo una herramienta adicional para la anotación de los genomas de este patógeno y nuevos estudios vinculados a su organización, su biología y desarrollo de metodologías de tratamiento y diagnóstico de enfermedades asociadas a P. salmonis”, explica el Candidato a Magíster en Microbiología.
En el mes de noviembre, Guillermo Nourdin, presentó sus resultados en formato póster en el Congreso International Society for Computational Biology, ISCB, realizado en la ciudad de Viña del Mar.
“Dentro de los días de presentación recibí buenos comentarios por parte de los asistentes al congreso, en donde me comentaban lo importante de este tipo de trabajo, debido a que en las grandes bases de datos biológicas tienen demasiada información poco clasificada y muchas veces redundante y mal catalogada. Al mismo tiempo, me señalaban la necesidad de trabajar en la creación de bases de datos específicas a diversos organismos de interés en el área clínica o en la industria”, concluyó el estudiante de la RP3 del Centro INCAR.

INCAR, INTEMIT y AMICHILE Realizaron exitoso Taller para Fortalecimiento de la Mitilicultura al Cambio Climático

INCAR, INTEMIT y AMICHILE Realizaron exitoso Taller para Fortalecimiento de la Mitilicultura al Cambio Climático

Una muy buena recepción tuvo el taller “Fortaleciendo la Mitilicultura de la Región de Los Lagos frente a la variabilidad climática y cambio climático”, organizado por el Interdisciplinario para la Investigación Acuícola, INCAR; el Instituto Tecnológico de la Mitilicultura, INTEMIT, y la Asociación de Mitilicultores de Chile, AMICHILE, realizado el miércoles 12 de diciembre en la ciudad de Castro.
En el encuentro se reunieron productores de semilla y de engorda, representantes de instituciones de investigación/extensión y del estado, en el marco de una investigación impulsada por el Programa Integrativo (PI) del Centro INCAR, que aborda la vulnerabilidad de la mitilicultura en la X región ante variabilidad climática y cambio climático atendiendo a los diferentes forzantes para la captación de semilla y para la engorda.
“El análisis de vulnerabilidad implica entender la interacción entre los forzantes biofísicos, los aspectos ecológicos, el manejo del recurso y las consecuencias sociales y de gobernanza. Para evaluar la vulnerabilidad es necesario conocer la exposición del sistema productivo al cambio climático y esta se ha abordado a través de un análisis de riesgo semi-cuantitativo. En este sentido, hemos estado desarrollando una investigación por casi un año en colaboración con la Universidad Austral de Chile (UACH), el Instituto de Fomento Pesquero (IFOP) y AmiChile para analizar cuáles son los factores de riesgo en relación al cambio climático, qué podría pasar en el futuro y cómo podríamos abordar esos factores”, explicó la Investigadora Principal del PI, Dra. Doris Soto.
El Director del Centro INCAR, Dr. Renato Quiñones, señaló que la participación de representantes del sector productivo, científico y de gobierno “es un reconocimiento a que el tratamiento de estos temas amerita la participación de diferentes organizaciones para que desde sus respectivas disciplinas y niveles de conocimiento, puedan hacer sus contribuciones al sector”.
Durante la jornada, se efectuó un trabajo participativo en el que se desarrollaron dos matrices de riesgo: una para las áreas de captación de semilla y otra para las áreas/comunas donde se realiza la engorda. Además, cada equipo debía también proponer medidas de prevención y mitigación de los impactos.
Los participantes apreciaron la actividad y en especial la oportunidad de intercambiar información y experiencias entre la academia y la industria. “Vimos a los participantes muy motivados y en el diálogo pudimos recoger información de los propios productores sobre las problemáticas que ellos mismos perciben a nivel local”.
Para Eduardo Orellana, Jefe de Operaciones del Centro de Cultivo, “Villa Marina” de Chonchi, la jornada destacó por la calidad de los expositores y la cantidad de información entregada. “No siempre uno va a una jornada y encuentra esa calidad de capital humano como el que hemos visto hoy. Por eso, es muy importante que la gente de la industria se involucre más en estos temas, porque el cambio climático no hace distinción entre pequeños, medianos o grandes acuicultores”, recalcó.
Por su parte, Cristian Segura, Jefe de Proyectos de Intemit, señaló que “si bien se esperaba un mayor número de productores, la participación fue positiva. De hecho, estamos evaluando repetir esta experiencia yendo a Hualaihué a la zona de captación de semillas”, acotó.
Los resultados del taller se integrarán a los resultados de la investigación en curso y se espera tener una evaluación preliminar ampliada de la vulnerabilidad en el primer trimestre del 2019 incluyendo recomendaciones de manejo y medidas que permitan reducir la vulnerabilidad y fortalecer la producción del mejillón Patagónico de Chile.

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